O CEDU mantém parcerias institucionais com várias entidades.

Todos os anos o CEDU organiza, com o suporte dos serviços do Tribunal de Justiça da União Europeia (TJUE), visitas de estudo do Mestrado em Direito da União àquele Tribunal, apoiadas pela Associação Sindical dos Juízes Portugueses, Sindicato do Ministério Público e Conselho Distrital do Porto da Ordem dos Advogados. Nestas visitas de estudo, os alunos do Mestrado têm a oportunidade de assistir a audiências, participar em conferências que lhe são especificamente destinadas, interagir com membros do Tribunal de Justiça e frequentar a biblioteca. Além disso, os melhores alunos do Mestrado têm realizado estágios de formação, com duração de 3 meses, no gabinete de Juízes do Tribunal de Justiça.

Foram ainda estabelecidos protocolos com sociedades de advogados (VdA e PLMJ), que receberam e recebem investigadores do CEDU como estagiários, para que contactem com os mais variados domínios materiais do Direito da União.

Foi celebrado um protocolo com a Associação Sindical dos Juízes Portugueses, nos termos do qual os jovens investigadores do CEDU apoiam magistrados judiciais, sobretudo no que tange à recolha jurisprudencial, nos litígios que envolvam a aplicação do Direito da União.

Foi também celebrado um protocolo com o Conselho Distrital do Porto da Ordem dos Advogados, nos termos do qual a formação continuada em matéria de Direito da União é garantida através de cursos periodicamente organizados por ambas as entidades.

O CEDU celebrou um protocolo com a APDE (Associação Portuguesa de Direito Europeu), representante nacional da FIDE (Federação Internacional de Direito Europeu). A FIDE é a responsável pela organização da mais reconhecida e prestigiada conferência em matéria de Direito da União Europeia - FIDE Congress - que converge na publicação dos relatórios nacionais dos Estados-membros.

Por último, o CEDU estabeleceu uma parceria com a Magellan (Associação para a Representação dos Interesses Portugueses no Exterior) voltada ao desenvolvimento de ações conjuntas em matérias que relevem no funcionamento da União Europeia. A Magellan possui significativa experiência no âmbito da representação de interesses nacionais junto das instituições, órgãos e organismos da União, bem assim como na obtenção de informação relevante sobre os processos de decisão legislativa europeus. No âmbito da referida parceria, a Magellan proporciona estágios bimestrais para investigadores do CEDU recrutados de entre os melhores alunos do Mestrado em Direito da UE.